基因組大小分析服務
來源：本站 作者：admin 時間：2020-9-18
基因組大小分析服務
生物單倍體基因組中DNA總量，以基因組的堿基對來表示。在真核生物中，每種生物的單倍體基因組的DNA總量是恒定的，稱之為C值，C值反映了生物物種全部和特定的遺傳信息。不同物種的C值差別很大。
對于C值檢測的意義：1、與微衛(wèi)星的擴增效率相關；2、作為細胞核大小、花粉粒直徑等表型的預示值, 基因組大小與細胞核大小、花粉直徑等表型性狀成正相關；3、作為生態(tài)與環(huán)境的預示值，C值與植物的生活史、地理分布、物候期、單位面積生物量、對生長環(huán)境的敏感度
（如溫度和濕度的變化）等緊密相關，還能預測長期的變化（諸如全球變暖）所引起的植被改變；4、利用推斷的C值來揭示古生物學的趨勢，例如，根據化石細胞的大小，可以推斷化石的DNA含量。在植物化石中，氣孔保衛(wèi)細胞的大小也可以用來估計DNA含量，進而尋求C值的進
化趨勢；5、C 值對物種保育具有重要的意義，大基因組的物種往往存在更大的滅絕風險。
目前基因組大小的精確測定只能采用測序法，由于實驗樣本數量大、測序費用高、實驗操作難度大，讓很多研究者望而卻步，使得實驗局限性很大。流式細胞術（FCM）則解決了這些弊端，同時還具備制樣方法簡便、檢測速度快且結果較為準確等優(yōu)點，因此被廣泛用于測定物
種的基因組大小。
基因組大小檢測的要點
1、基因組大小的計算必須有一個適合的內參，參照物植物的基因組大小應該在待測樣本的0.7到2.5倍范圍內，并且應使用低中高三個范圍的參照物。
2、已知物種基因組大小的查詢網址：http://data.kew.org/cvalues/。
3、樣本基因組大小=待測樣本的峰值/參照物的峰值*參照物基因組大?。╬g/Mb）。
實驗原理
首先需要裂解液將組織中細胞核釋放出來，并打開DNA鏈，然后用PI染液將細胞核DNA染色，再用儀器檢測細胞核里被染色的DNA發(fā)出的熒光強度。結果的橫坐標表示熒光強度，縱坐標表示細胞數量，通常來說，信號峰高說明信號比較好，雜質少。
使用Sysmex-Partec CyFlow Ploidy Analyser對植株基因組大小進行預測(Jaroslav et.al. 2007)
從平均熒光強度可知，a.姜黃沙棗(Curcuma angustifolia) (sample G1)的基因組是已知標準品大豆(Glycine max)(standard G1, 2C=2.50pg DNA)基因組的0.847倍，據此可算出姜黃沙棗的基因組大小約為2.12pg；b.橙黃山柳菊(Hieracium aurantiacum)(Sample G1)的基因組大小是標準品玉米(Zea mays)(Standard G1, 2C=5.43pg)的1.44倍，據此可算出橙黃山柳菊的基因組大小約為7.82pg。
實驗儀器設備及方法
吉源生物采用配置532nm綠色激光的Sysmex-Partec CyFlow Ploidy Analyser，搭配Sysmex CyStain PI基因組大小檢測試劑盒，僅需半小時，即可完成基因組大小預估。實驗基本步驟如下：
部分實驗結果展示
水稻和睡蓮混合檢測結果
番茄和半枝蓮混合檢測結果
淺紋海馬和日本海馬混合檢測結果
水稻和番木瓜混合檢測結果
基因組大小分析服務范圍
C值檢測
生態(tài)學（特異種群的DNA變化）
分類學（創(chuàng)建植物DNA數據庫）
雜交育種（植物、魚、貝類）
基因組分類
遺傳毒性物質的作用
生理學或者農業(yè)學特性的鑒定
早期階段的性別鑒定（植物、家禽精子）
樣品準備
植物樣品準備：葉片的新鮮程度直接影響實驗結果。由于次生代謝產物的影響，會導致信號峰過寬，甚至檢測不到信號峰的情況。嫩葉的選擇要選取新鮮、完全舒展開、無蟲咬、無枯萎、分裂不活躍的部位實驗結果：
魚類樣品準備：大魚可以取血液樣本檢測，或者取魚組織檢測，切取0.5cm2大小的新鮮魚肉即可。
貝類樣品準備：貝類大樣本可以直接撬開貝殼，取貝的新鮮組織作為樣本。貝類幼苗需要收集剛孵化2-3天內的浮游狀態(tài)的幼苗。
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